A partir de la version 3.xx de firefox, hay que añadir algo mas. Lo pongo completo.
Se supone que tenemos instalados los paquetes, firefox (Obvio no), amule 2.xx, y amule-utils.

1º Tienes que abrir FireFox y escribir en la barra de direcciones lo siguiente :
about:config

Ahora dale al botón derecho del ratón encima de la lista y selecciona Nuevo/Lógico (en ingles boolean).
Introduce esto en la ventana que aparece :
network.protocol-handler.external.ed2k

Te pide un valor le pones true, y si no te lo pide, le das al botón derecho encima de la clave que acabas
de crear y eliges Modificar hasta que aparezca el valor true.

Volvemos a darle al botón derecho del ratón encima de la lista y seleccionamos Nuevo/Cadena (en ingles string).
Introducimos esto en la ventana :
network.protocol-handler.app.ed2k

Lo siguiente que nos pedirá será un valor para esa clave, escribimos:
/usr/bin/ed2k

Volvemos a darle al botón derecho del ratón encima de la lista y seleccionamos Nuevo/Logigo (en ingles boolean).
Introducimos esto en la ventana :
network.protocol-handler.expose.ed2k

Te pide un valor le pones false.

2º Reinicia Firefox y pruébalo con cualquier página que ofrezca links de la red del EMule.
Ahora Firefox te pedira que eligas un programa, te vas a esta ruta y eliges :
/usr/bin/ed2k

Abrimos aMule y para probarlo vamos a cualquier pagina con enlaces ed2k y hacemos clic sobre uno.
En aMule hacemos clic sobre Redes y miramos en Registro, para ver si se nos a agregado el enlace.

Bueno, mas vale tarde que nunca.

Saludos.

Extraido de kubuntu-es.org