Os traigo una posible solución a un viejo problema que tuve con los subtítulos en VLC.

Como no me apetecía pensar mucho y precisamente había leído un artículo en esta web (http://www.tuxapuntes.com) recomendando el SMPLAYER (magnifico reproductor y muy recomendable) pues no le dí más vueltas.

sudo apt-get install smplayer

Sin embargo, necesité recientemente poner de nuevo el VLC y para que se vean bien los subtítulos sin omisiones ni caracteres extraños debemos cambiar la codificación de los subtítulos.

Para eso vamos en Opciones a Preferencias->Entrada/Codecs->Otros Codecs->Subtítulos

y en codificación de texto de subtítulos ponemos ISO-8859-1.

Salvamos, reiniciamos el reproductor y ya está.

fuente:  http://www.tuxapuntes.com