FUENTE: http://ubuntulife.wordpress.com/2007/04/18/meld-comparar-ficheros/

Si necesitas comparar el contenido de dos ficheros y ver que diferencias existen entre ellos, Meld es la herramienta que necesitas.

Para instalarlo:

sudo apt-get install meld

La interfaz es muy sencilla, Pulsas sobre New e indicas el fichero origen y el fichero destino que quieres comparar, automaticamente te muestra las diferencias por pantalla.

meld.png